Естественно-научный профиль ориентирует на такие сферы деятельности, как медицина, биотехнологии и др. В данном профиле для изучения на углубленном уровне выбираются учебные предметы преимущественно из предметных областей «Естественнонаучные предметы».
В основу учебного плана положен вариант федерального учебного плана естественно-научного профиля с изучением родных языков при пятидневной учебной неделе.
Учебный план естественно-научного профиля обучения включает 13 учебных предметов («Русский язык», «Литература», «Иностранный язык», «Математика», «Информатика», «История», «Обществознание», «География», «Физика», «Химия», «Биология», «Физическая культура», «Основы безопасности жизнедеятельности») и предусматривает изучение 2 учебных предметов на углубленном уровне из соответствующей профилю обучения предметной области «Естественно-научные предметы»: биологии и химии.
Обучение в МАОУ «СОШ №2 с УИОП г. Улан-Удэ» ведется на русском языке. Учебный план обеспечивает преподавание и изучение учебных предметов «Родной (русский) язык» и «Бурятский язык как государственный» в рамках обязательной предметной области «Родной язык и родная литература» в соответствии с возможностями школы и запросами обучающихся и их родителей (законных представителей), которые зафиксированы в заявлениях. На учебные предметы «Родной (русский) язык» и «Бурятский язык как государственный» в учебном плане отводится в совокупности 1 час в неделю с делением класса на две группы.